En réaction aux changements religieux imposés par Jayavarman VII notament l'adoption du bouddhisme Mahâyâna (GrandVéhicule), une vive réaction se manifesta peu de temps après son règne, entrainant la suppréssion de milliers de représentations du Bouddha, en particulier à Angkor.

Ce retour aux valeurs religieuses traditionnelles fut suivi d'un changement culturel encore plus important dans la deuxième moitié du XIII°s et au cours du XIV°s : l'adoption progressive du bouddhisme theravâda, d'origine sanskri, (Petit Véhicule) plus humain et humble que les religions aristocratiques qu'étaient l'hindouisme et le bouddhisme mahâyâna. Dans le même temps, les Thaïs se libérèrent progressivement de la suzeraineté Khmère et devant la multiplication de leurs agressions - Angkor fut prise plusieurs fois - la capitale devint plus méridionale et moins exposée. Les royautés successives quittèrent Angkor et s'établirent en différentes places avant que Phnom Penh ne soit définitivement choisie pour capitale en 1867.

Aucun monument ne fut édifié après le XIII°s, pourtant, à l'opposé des sanctuaires de la période angkorienne, qui abritaient des images sacrées et n'étaient visibles qu'à une petite élite, des sanctuaires theravadins furent édifiés sur d'anciens lieux de cultes : la structure plus large et plus ouverte correspondant mieux au principe populiste de ce bouddhisme. La production architecturale et la statuaire virent le bois remplacer la pierre, l'image du Bouddha se substituer aux anciennes divinités et le style du Bayon graduellement influencé par celui du Siam.